עם הודעת אטלי על סירובו לקבל את דו״ח הוועדה האנגלו-אמריקאית, החלו התנגשויות חמורות בין היישוב ובין השלטונות. אור ליום 18/6/1946 פוצצו כל הגשרים החשובים שחיברו את א״י עם שכנותיה. מעשה זה נתן לבריטים עילה לבצע תוכנית שתשבור את היישוב. בשבת 29/6/1946 (״השבת השחורה״) התנפל הצבא על עשרות יישובים, ערך חיפושים במשרדי הסוכנות וההסתדרות ואסר את יו״ר הוועד הלאומי דוד רמז, את חברי הנהלת הסוכנות משה שרתוק (שרת), יצחק גרינבוים, והרב יהודה פישמן-מימון, את דב יוסף ודוד הכהן, וכן את ראשי הערים. באותה שבת נתפסו מספר מחסני נשק, נתפס מטה הפלמ״ח במזרע, ו-3,000 הובאו למחנות מעצר ברפיח, עתלית ולטרון. אך פעולה המונית זו לא פוררה את המערך הכללי של ארגוני המחתרות – ההגנה (והפלמ״ח), האצ״ל, הלח״י ולא שמה קץ ל״עלייה ב׳״. ב-22/7/1946 הגיע הטרור לשיאו - מלון ״המלך דוד״, אחד ממרכזי הממשלה המנדטורי פוצץ ו-91 איש קיפחו את חייהם עקב זה. כל אותה עת לא פסקו פעולות ההעפלה והמערכה להכשלת חוק הקרקעות אף נמשכה - בערב יום כיפור תש״ז עלו י״א נקודות לצפון הנגב.

ביולי 1946 התכנסו בפריס חברי הנהלת הסוכנות החופשיים (בראשות דוד בן-גוריון), ובכינוסם זה קיבלו מספר החלטות:

א) דחייה מוחלטת של תוכנית מוריסון-גריידי.

ב) דרישת 100,000 רישיונות עלייה לפליטי אירופה.

ג) הסכמה לעיין בתוכנית להקמת מדינה יהודית לא בכל א״י, אלא בחלק ממנה.

החלטות אלו נמסרו לממשלות ארה״ב ובריטניה, וד״ר נחום גולדמן, חבר ההנהלה הציונית, קיבל הבטחה מהנשיא טרומן כי הלה יתמוך בהקמתה של מדינה יהודית בחלק בא״י.

ב-29/10/1946 נתכנס בירושלים הוועד-הפועל הציוני, ובדיוניו הוקיע את המדיניות הבריטית וקרא לשחרר את חברי הנהלת הסוכנות העצורים.