מייד לאחר חידוש הקרבות בדרום ולפני פתיחת המתקפה בגליל פנה יעקב ריפתין, אחד משני המזכירים המדיניים של מפ״ם, לבן-גוריון וביקש לדעת מה יהיה גורלה של האוכלוסייה הערבית, אם צה״ל יכבוש את עריהם וכפריהם. ״נעניתי שניתן הוראות חמורות שלא לגרום ל׳תקרים מצערים׳ ונעשו הכנות לאדמיניסטרציה מקומית״, סיפר ריפטין. אך תשובה זו של בן-גוריון הייתה מעורפלת ומטעה. ב-26 בספטמבר הוא אמר בישיבת הממשלה, כי במקרה של חידוש הקרבות ייהפך הגליל ״נקי מערבים״, ״ריק מערבים׳׳. מדבריו השתמע כי כך הבטיחו לו מפקדי הצבא. דברים אלה אמר בן-גוריון בתשובה להצהרתו-שאלתו של שרתוק, כי מוטב לישראל שתימָנע מכיבוש ה״כיס״ הערבי בגליל משום היותו ״מלא ערבים״ ובהם פליטים מן הגליל המערבי ומן הגליל המזרחי, המבקשים לשוב לכפריהם שנכבשו. בן-גוריון נדרש שוב לנושא זה ב-21 באוקטובר, כאשר עזרא דנין דן עמו על האפשרות של הקמת מדינת בובות פלסטינית ב״משולש״. ראש הממשלה הגיב בחוסר סבלנית: ״לערביי ארץ ישראל נשאר רק תפקיד אחד - לברוח״.

כעבור עשרה ימים, כאשר סייר בן-גוריון בגליל בלוויית האלוף כרמל, התייחס ליציאת הערבים מן האזור ורשם ביומנו: ״עוד רבים יברחו״. לדעה זו, שהייתה אולי גם בגדר משאלה, הצטרף גם כרמל. נוסיף כי באותה עת הייתה זו גם גישתם של רבים מאנשי המפתח בממסד הצבאי והאזרחי של ישראל. למשל, שמעוני ממשרד החוץ כתב באותו חודש לסוכנות נסיעות בתל-אביב, כי ״הננו מתייחסים באהדה [הדגש במקור] להגירה של ערבים לחו״ל, והיינו ממליצים לסייע בידם להקל עליהם ככל האפשר״. כך גם ויץ. כאשר שמע מפיו של משה ברגר על פתיחת ״מבצע חירם״ ב-29 באוקטובר, שלח מסר בהול לאלוף ידין ובו המלצה, שהצבא ידאג לגרש את הפליטים מן השטחים שייכבשו במבצע.

חזית הצפון (עמ' 309)

אולם בינתיים חלפה הסכנה שאיימה על המדינה. זאת ועוד: מעשי הזוועה בחודש אוקטובר היו מרוכזים, מרובים וחמורים מכדי שאפשר יהיה להתעלם מהם ולכלוא את הביקורת שהטיחו גורמים שונים, ולא רק מפ״ם. בישיבת הממשלה שנערכה ב-7 בנובמבר הוביל שר העלייה והבריאות, משה חיים שפירא איש המזרחי״ - המפד״ל, את מתקפת הביקורת על התנהגות החיילים, ואחריו החרו-החזיקו שר הפנים, יצחק גרינבוים, איש הציונים הכלליים, ושר המשפטים, פליקס רוזנבליט (לימים - פנחס רוזן), איש המפלגה הפרוגרסיבית. גם מרדכי בנטוב ממפ״ם, שר העבודה והבנייה, נדרש לנושא. בן-גוריון נענה להלכי הרוח ששררו בישיבה, והממשלה מינתה ועדה בת שלושה שרים (בנטוב, רוזנבליט ושפירא) לחקירת ״מעשי הצבא בשטחים הכבושים״. בנטוב אמר כעבור ימים אחדים: ״בממשלה, על כל הזרמים, יש הזדעזעות איומה, פרט לב. ג. ושרתוק".